Hexafluoroéthane est utilisé comme un mordançage polyvalent dans la fabrication des semi-conducteurs. Il peut être utilisé pour gravure sélective des siliciures métalliques et oxydes par rapport à leurs substrats métalliques ainsi que pour la gravure du dioxyde de silicium au silicium. Le panneau solaire, l'industrie manufacturière est l'un des principaux émetteurs de hexafluoroéthane, qui a un potentiel de gaz à effet de serre 12 000 fois plus élevé que le CO2.
Avec trifluorométhane, il est utilisé dans les fluides frigorigènes R508A (61 %) et R508B (54 %).
